Keďže povrch platní disku predstavuje dosť veľkú plochu, aby bolo možné rýchlo a správne lokalizovať dáta na čítanie či miesto na zápis, musí byť rozdelený do nejakých celkov. Platňa disku preto pozostáva z kružnicovytých stôp (tracks) rovnomerne rozdelených na sektory. Rovnaké stopy na rôznych povrchoch sa nazývajú cylinder (valec). Stopy aj sektory sú očíslované. Vytvárajú sa už u výrobcu pri takzvanom Low-level formátovaní (nízke formátovanie) - disk sa magneticky rozdelí na tieto celky. Užívateľ by nemal toto formátovanie nikdy robiť bez potrebných znalostí, lebo môže zničiť celý disk.

Okrem Low-level formátovania poznáme aj High-level formátovanie (vysoké formátovanie) - tu sa do sektorov zapíšu logické tabuľky, podľa ktorých sa v zapísaných dátach bude dať lepšie orientovať. Základnou tabuľkou je MBR (Master Boot Record), z ktorej potom vychádzajú Zavádzací záznam (spúšťa sa pri štarte počítača) a Tabuľka oblastí (Partition table - logicky delí disk na oblasti). Jadrom logickej štruktúry väčšinou býva FAT (File Alocation Table - prideľuje priestor na disku ukladaným dátam), NTFS (New Technology File System - je bezpečnejší, nespôsobuje fragmentáciu, veľkosť alokačnej tabuľky sa volí dynamicky) a iné.

Veľkosť diskov v dnešnej dobe rapídne narastá, a dátová jednotka, ktorou je sektor (512B), pre svoju malú veľkosť spôsobovala spomaľovanie hľadania, a tak pre lepšiu organizáciu dát sa začali sektory spájať do klastrov (clusters) - najmenších logických jednotiek na disku.